Fatte salve le figure apicali del Presidente e del Direttore Generale, i direttori “forti” nel contesto organizzativo dell’Agenzia sono il Direttore dei Programmi  e la Direttrice dei Programmi internazionali.

Infatti sono a tutti gli effetti gli snodi funzionali del’Agenzia fanno capo sostanzialmente tutte le attività dell’agenzia.

Questa è la situazione fino ad ora che potrebbe tuttavia subire anche variazioni nel futuro nella nuova gestione del Comint.